A por los 69.000 replys !. Habrá premios. Palabra de Mojitoo

depende del archivo q esté en cuarentena.
a ver, si por ejemplo, el archivo es algún archivo sin importancia no sucederá nada; puedes perder una lista temporales o de archivos recientemente ejecutados, pero nada mas q eso.
si, por el contrario, es un archivo indispensable para alguna aplicación, cuando elimines ese archivo q el antivirus tiene bajo cuarentena, te quedarás sin aplicación (o lograrás tener una versión inestable de esa aplicación).
en el peor de los casos, q el archivo sea indispensable para el funcionamiento del SO, pues lisa y llanamente, te quedarás sin ordenador...
si, por ejemplo, un virus informático infecta alguna de esas bonitas dll's q windows utiliza para comunicarse con la bios o algún archivo del q dependa tácitamente el arranque del pc, lo tienes a salvo en la cuarentena y un buen día decides eliminarlo... pues serás un asiduo visitantes de foros de informática.

es, mas o menos lo mismo q eliminar un archivo de un juego. tu en la carpeta donde está instalado el juego tienes muchas cosas; un ejecutable para arrancarlo, una serie de librerías donde están guardadas las texturas q las imágenes del juego utiliza, un par de dll's q le dicen a la pc si el juego corre en ventana o a pantalla completa, en 800x600 o a 1024x768, en inglés, alemán o francés, si debe utilizar open gl o directx para trabajar, etc; también tienes partidas guardadas, otras dll's con el perfil del jugador 1, 2, 3, etc; generalmente tienes un archivo de texto con los datos básicos y un manual; luego tienes archivos "desconocidos", esos q tienen una extensión extraña q el sistema no reconoce (.grf, .cnf, .uha, etc, etc)
ahora bien, si eliminas el ejecutable del juego, pues te quedas sin juego, obviamente, pero si eliminas el manual el juego no dejará de funcionar.
con el SO ocurre lo mismo: dependiendo del archivo q elimines puedes quedarte sin ordenador, sin alguna parte importante de él, o no.

por esta razón, es importante saber q es lo q vamos a borrar (no sea q se nos de por borrar parte del registro de windows)
generalmente, los antivirus dejan ver el nombre del archivo, su ruta y la extensión del mismo al detectar alguno infectado.
con esos datos puedes hacer búsquedas por google o en los foros de informática para saber q es el archivo y q es lo q hace específicamente dentro de nuestro sistema, aprender cual es su función y estar al tanto de su importancia.